Maria Olén har utvecklat en känslig näsa. Hon är en av de biomedicinska analytikerna på CCUG som har till uppgift att undersöka de bakterier som kommer hit, och ibland kan lukten ge en vägledning. Vissa bakterier ger dock inte ifrån sig just den ledtråden.
– Den här luktar ingenting, säger hon.
Vi befinner oss i bakteriernas första anhalt. Hit anländer de på en bomullspinne som den som har hittat bakterien har använt för att skrapa loss den. Med bomullspinnen följer en remiss med den information som upphittaren har lyckats få fram.
Det första som sker är att bakterierna stryks ut på en agarplatta, en tunn plastbehållare som innehåller ett tillväxtmedium, ofta med en bas av näringsrikt hästblod. Det är en sådan platta som Maria Olén precis har luktat på. Den här dagen analyserar hon plattor som hon preparerade i går. Flera av proverna kommer från industrier som vill veta vilka bakterier de har i sin produktion. Maria Olén håller upp en av plattorna.
– Den här bakterien växer så dåligt att vi inte kan göra så mycket i dag. Vi får kicka liv i den genom att ge den mer mat.
Vad bakterierna behöver för att växa kan ge en ledtråd till vilken sort de tillhör. Vissa kräver till exempel olja för att växa och kallas följdriktigt för lipofiler. Bakterier som vägrar växa får man inte tillräckligt av för att kunna undersöka så de frystorkas och arkiveras.
De flesta bakterier får även genomgå en API (Analytical profile index), en metod för att identifiera mikroorganismer med hjälp av biokemiska tester. Med en pipett droppar Maria Olén vätska med bakterierna ner i olika fack i en plastbehållare. Resultatet påminner om färgprover för nagellack. Färgerna talar bland annat om vilka sockerarter bakterien kan bryta ner. Oftast räcker inte den biomedicinska analysen för att få fram den information som behövs utan analytikerna måste in i bakteriernas dna. För att kunna göra det måste bakteriernas celler först slås sönder.
Det sker i ett rum längre ner i korridoren, där Susanne Jensie Markopoulos visar små glasampuller som är fyllda med mikroskopiska glaspärlor. Ampullerna placeras i en maskin och skakas i ett par minuter. Efter ytterligare en process återstår en extremt liten pellet av dna som löses upp i formamid och placeras i brunnar på en platta.
Det sista momentet sker ett par våningar längre upp i ett så kallat sekvenseringsinstrument. Där passerar det upplösta dna:t genom kapillärer, rader av tunna trådar som påminner om elledningar. På sin väg genom ledningarna läses dna:t av med en laser.
Ett par timmar senare kan Susanne Jensie Markopoulos tanka ner resultatet på ett usb-minne och sätta sig vid datorn. På skärmen framträder ett så kallat elektroferogram där de fyra baserna i ett dna, ACGT*, visar sig i olika färger. Koden kopieras och körs därtefter i ett antal internationella databaser för att se om det blir någon träff. ○
* En dna-spiral består av två strängar som binds samman vid det som kallas kvävebaser. De fyra baserna kallas adenin (A), cytosin (C), guanin (G) och tymin (T).
